La pile à combustible est la pièce maîtresse de la chaîne hydrogène. C’est elle qui le convertit en électricité, en reproduisant le procédé inverse de l’électrolyse. Celle embarquée à bord d’Energy Observer a été réalisée sur mesure par les ingénieurs du CEA-Liten et délivre une puissance électrique nette de 20kW.